因應僱用大陸船員日益增多造成兩岸交流頻繁，為維護海峽兩岸漁船船主、漁船船員正當權益，促進兩岸漁船船員勞務合作，財團法人海峽交流基金會與海峽兩岸關係協會於98年12月22日第四次江陳會談簽署協議，以建立兩岸漁船船員勞務合作機制，可解決多年來我漁船主境外僱用大陸船員所衍生問題，我漁船主僱用大陸船員仍維持「境外僱用，境外作業，過境暫置」基本政策，並依據「臺灣地區漁船船主境外僱用及接駁安置大陸地區漁船船員許可及管理辦法」規定，辦理僱用管理事宜；現行在12浬境內之舢舨、漁筏、娛樂漁業、定置網或海上養殖業，仍維持不得僱用大陸船員，並未開放大陸勞工。
目前大陸船員隨漁船進港時，須集中暫置於岸置處所或暫置碼頭區，該等暫置區域採封閉隔離管制，大陸船員除外出就醫及颱風緊急上岸避風外，不得離開該區域；大陸船員在暫置區域內，只得從事原本漁船上境外作業所延伸的漁網整補等行為；兩岸簽署協議後，現行管理制度不會改變，不放寬大陸船員外出賣魚、挖蚵仔及非法打工情形，以建立兩岸漁船船員勞務合作機制，解決現有僱用大陸船員衍生的問題。