歷經數月的溝通與努力，工程會提出因應行政院組織改造的規劃，業經行政院陳院長於8月14日政策決定，開創協助工程產業發展之政府組織再造之新局。

工程會自84年7月20日成立迄今，已建立公共工程全生命週期之採購、技術與管理體系，並為工程機關及工程產業界遵循。然而依行政院組織改造的原始規劃，工程會業務將一分為三，分別併入國家發展委員會、交通及建設部及財政部。工程會所建立的公共工程管理體系將分別由3個部會主政，工程產業與各政府工程機關恐將未能感受政府組織改造之效益，反而因為管理機關增加，造成效率降低，勢必影響政府公共工程計畫之推動執行，也會對工程產業造成衝擊。

為解決上述衝擊，工程會提出將其大部分業務併入未來交通及建設部，以統一事權並充實該部有關建設職掌的規劃，陸續獲得產業界及行政部門的正面回應。例如工程會於7月17日舉辦之「公共工程躍升計畫暨組織再造」座談會，獲得與會之工程相關產業公會理事長及學界代表約50位的廣泛支持；行政院江副院長於8月6日主持「研商行政院公共工程委員會因應行政院組織改造協助工程產業發展之規劃事宜」會議，交通部於會議中表示同意在不影響交通及建設部組織法立法進程之前提下，配合政策承接工程會移撥之業務。

行政院陳院長復於8月14日主持「研商行政院公共工程委員會提報因應行政院組織改造協助工程產業發展之建議事宜」會議，政策決定工程技術及經費之審議及管考業務由交通及建設部辦理，且政府採購法業務宜由單一機關主政較為妥適，俾利業務運作完整，就工程會業務的移撥方向，做出政策決定。工程會除已著手將負責執行工程技術及經費之審議、工程管理、政府採購法規業務之相關人力移入交通及建設部之準備外，並將於政府採購法施行細則增訂第5條之1，明定主管機關依政府採購法第10條規定掌理事項，得委託其他機關（構）辦理，做為過渡時期財政部委託交通及建設部辦理政府採購業務之備案。

整體來說，在陳院長體察組織改造及工程產業長遠發展，已做出關鍵性裁示，這是在各界共同支持及努力下之具體成果，也是工程界的大事，工程會也將做好過渡期間的業務移轉事宜，落實無縫接軌服務。