中科四期二林園區廢水排放問題，一直為環境影響評估審查上重要課題，環保署基於「放流水之影響及因應」履遭彰化縣民眾爭議，故辦理專家學者會議尋求解決之道，但是今年6月30日開發單位中部科學園區管理局卻提出廢水排放替代方案－由自強大橋排放至濁水溪，該議案提出讓濁水溪南案之雲林縣無法接受。7日縣府環保局局長陳世卿、建設處長施克和偕同議長蘇金煌及10多位議員，共赴環保署參加環評會議，表達「嚴重抗議」。

縣府聲明強調，有關中科四期(二林園區)排放廢水，雲林縣強烈反對排放至濁水溪，中科管理局應再研擬更合宜之排水計畫。而用水事宜本縣亦強烈反對使用「集集攔河堰共同引水計畫」及「湖山水庫計畫」之水源，並請中科管理局捨棄於二處引水，以符合二計畫原規劃用水目標。且不能以中科四期二林園區有開發時間壓力，而犧牲濁水溪南岸雲林縣民憲法所保障之生存權。

雲林縣環保局指出，原專家學者會議涉雲林縣權益卻無雲林縣推薦之專家學者參與實際討論，並對中部科學園區管理局事先未知會雲林縣，企圖只解決彰化縣問題不顧雲林縣而表示抗議。同時大聲疾呼中科管理局不應以此方式偷渡審查並逃避面對雲林縣，要求本次環評初審會議決議不採用此替代方案。

環保局表示，中科管理局至今仍未至雲林縣當地辦理相關說明會議，於法是否有符合環評作業準則之規範（環說書製作前公開書明會）？於理更無視雲林縣民農作之權益。有關中科二林園區廢水對濁水溪灌溉用水之影響評估，除對農田水利會灌區進行評估分析外，並應針對「非」位於農田水利會灌區之農田（如廣大河川高灘地種植大量西瓜等等）引灌用水進行評估才能獲周延，尤其所提濁水溪替代方案之兩岸均有向第四河川局承租高灘地，近年來因灌溉用水需求常向相關單位陳情反映可得知。

再者雲林縣西螺地區係全國蔬果稻米生產交易中心，故因避免採用此方案，以免衝擊農業生產，影響全國糧食安全，另此替代方案將嚴重影響濁水溪下游出海口之淺海與魚塭養殖產業，若排放廢水將影響當地農作耕種，故強烈要求不得為發展工業而影響百年農業發展根基，並陳請環評委員決議不得將中科廢水排放至濁水溪。

最後縣府強調，關於中科四期(二林園區)用水方案係屬階段性使用集集攔河堰水源。然湖山水庫完工後，係與集集攔河堰聯合供水每日69.4萬噸，請中科管理局明確承諾中科四期短、中、長期均不會撥用湖山水庫水源。然水資源分配不應黑箱作業，中科四期(二林園區)用水不應排擠雲林縣民生、農業、工業用水需求。廢水排放更不應以鄰為壑，並衝擊現有農漁業，如果中科四期(二林園區)水資源取水之雲林縣，水污染棄之於雲林縣，本開發行為係耗用雲林縣環境資源，何以當初中科四期選址不設在雲林縣？