長期以來行政法院被詬病為「敗訴法院」，尤其是稅務訴訟，民眾勝訴率不到10%，學者專家指出，法官養成教育缺乏稅法領域，導致行政法院法官不懂稅法，許多訓練課程找國稅局人員來上課，「以吏為師」不但自我矮化法院的位階，也忘記了法院實際上應該站在人民與公部門對等的角度公允判決，喪失中立客觀立場。
然而最近媒體報導上連續出現幾個對人民有利的判決，似乎讓人看見改變的曙光，先是最高行政法院在今年元月2日對台北市國稅局對遠東總裁徐旭東透過信託基金方式處以逃漏贈與稅之處分，判決國稅局敗訴；日前(元月17日)台北高等行政法院又對於「中華民國資訊管理研究發展協會」於95年遭台北國稅局認定有高達8,115萬元捐贈收入，而開單追稅2,027萬元一案，判決國稅局敗訴。
台北市國稅局認定徐旭東以信託基金方式須補繳580萬元贈與稅額一案，其爭點在於「以股票信託之方式其分派股利是否為『預先知情』之逃漏行為」？最高行政法院的判決，因股票是否分派股利並不能預測，因此「無法證明」徐旭東事先知情，而撤銷國稅局之「復查決定」。
另一案：資管協會在95年間爆發秘書長以假捐贈等協助他人逃漏稅案後，台北國稅局卻又認定該協會真有8,115萬元捐贈收入，開單追稅2,027萬元；資管協會主張，接受捐贈的收入都有實際憑證，國稅局卻未將秘書長等人犯案中所涉假捐贈與真捐贈數額弄清楚，即逕行向該協會追稅，並不公允。法院也認為國稅局未查清，且前後案相互矛盾，判決台北國稅局敗訴。法院並相當罕見地引用最高法院對當事人的刑事判決及另案國稅局認定並無捐贈行為的確定判決，發現國稅局一方面認定謝偉琦沒有實際捐贈資管協會6,800萬元，一方面又認定資管協會有收受謝偉琦6,800萬元捐贈，顯然同一事實在兩件行政稅務爭訟中認定不同，相當矛盾。
法界人士認為，此二案值得肯定的是，其一，行政法院不再依循國稅局片面之辭，而開始要求國稅局應負起「舉證責任」；而最高行政法院引用刑事案件之判決結果，更是值得鼓勵。真理大學法律系吳
然而行政法院積極的作為是否真能為民平反呢？中華人權協會賦稅人權委員會主委林天財律師表示，人民打行政訴訟，好不容易打贏了官司，但是行政法院通常只撤銷「復查決定」，不是將本稅全部撤銷，反將稅單發回原機關「另為適法處分」，且對於行政機關重新做的處分內容毫無約束力，導致稅捐機關經常只是玩玩數字遊戲，將金額稍事修改再度開單，讓人民週而復始地往返於行政救濟程序中，成為「萬年不死」的稅單，一旦在這個過程中人民輸了，就沒有翻身的機會，對人民真的很不公平。總統府人權諮詢委員李念祖律師也曾指出，不管納稅人怎麼救濟，都是針對復查的結果，這是不對的，因為如果復查決定原本開的100元稅單是開錯了，經過事實的調查變成80元，中間20元應該就不在了，這是稅捐機關自己做的決定，所以100元的稅單根本不存在才對！如果100元還在，那稅捐機關永遠可以復查只改一元，反正100元永遠在，訴訟會無止境打下去，「行政訴訟變成完全沒有功能，只是折磨當事人的一個程序。」
學者專家指出，去年洪仲丘枉死案，掀起軍事審判制度的改革，軍審法修正案將非戰時的軍人犯罪，回歸一般司法審判，象徵軍中人權一大進步。而近日舉辦的賦稅人權指標大調查當中有97.45%民眾認為行政法院形同虛設，學者主張廢除行政法院，回歸普通法院，設專業財稅法庭。