投資損失的認定，常是稅務爭訟的問題點，誠品會計事務所黃鴻隆會計師在「金融業認列投資損失的課稅爭議」研討會中提到，多年執業經驗，讓人感覺財政部認定投資損失時，當形式認定對它有利，它就採形式，如果形式對它不利，就會搬出實質課稅原則，產生很大爭議。關於程序正當性問題，最高行政法院法官林文舟，提醒稅捐機關在民意高漲、人權意識覺醒之時，應依法律執法，不能恣意而為，否則又會有民眾包圍政府的情況出現，或像立法院拆自己台一樣。

台北商業技術學院黃士洲副教授表示，目前營利事業所得稅查核準則第99條提到，「投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。」在稅務處理上，投資損失已實現才可認列，而不是以被投資事業經營結果呈現的虧損金額為認定標準，導致財務會計與稅務會計對於投資損失的認定，前者採實質認定，而後者卻是形式認定，也因此讓業者困擾，明明公司已經遭受投資損失，卻因與稅務機關認定不同，產生稅務爭訟。黃士洲指出，目前稅務機關對於投資損失的認列，過於嚴苛且無必要，應該採適度檢討放寬。

在實務操作上「形式」跟「實質」的兩套認定標準產生很多民怨，最高行政法院法官林文舟認為，對於「形式」跟「實質」財政部的函釋函令並沒有絕對，對於下級機關還是有轉彎空間，但是以漏報營業額或漏開發票為例，除了要補稅，營業人提出進項發票，財政部解釋函令認為被查獲才拿出來的進項發票，「不宜」扣抵銷項稅額，但實務操作上稅務機關事後都不准扣抵，造成在算銷項稅額時採「實質」，看進項稅額，就看「形式」，這是標準「形式」與「實質」的選擇性適用，兩套標準造成民怨，林文舟法官認為，解鈴還須繫鈴人，財政部要根本解決才能回應民意。

林文舟法官舉營利事業所得稅查核準則為例，條文明定「報經財政部核准按營業常規予以調漲」之程序；因為營利事業所得額之調增，攸關人民納稅義務之加重，並涉及人民財產權之限制，程序上更應力求審慎，如果解釋為稽徵機關於調整營利事業之所得額前，得任意選擇是否報經財政部核准，則失去其特別規定此項報准程序之意義，林文舟法官強調在民意高漲人權意識覺醒之時，稅捐機關不能恣意執法，否則又會有民眾包圍政府出現，或像立法院拆自己台一樣。

台北商業技術學院蔡孟彥講師提到，前一陣子非常流行的日劇「半澤直樹」，內容中闡述銀行與法院間的糾葛，他以「投資損失認列與國際比較（以日本為例）」為題，舉例興業銀行放棄對專門做房貸的子公司（住專公司）3,760億日圓的債權，並與國稅局協商要列為呆帳，但國稅局沒有同意，並做處罰，而衍生出一場稅務訴訟。一審法官判興銀勝訴；二審法官判國稅局贏；到了三審又逆轉，認定興銀對子公司有責任，害怕社會輿論，所以必須放棄債權，而判興銀勝訴，國家退稅1,500億日圓，及加計利息之加算金1,000億日圓。最高法院作出判決之後，國稅局對於日本企業界的呆帳就採實質認定。

此一案例之後，扭轉日本企業界對於稅務訴訟的想法與做法，甚至規定「如果有關稅務問題，公司高層還不對國稅局展開積極訴訟的話，就違法。」影響企業比較願意打稅務訴訟，讓稅務訴訟大增；而且以後稅務上認定投資損失，不能再侷限形式上的認定，要採實質認定標準。另一值得借鏡的是，當興業銀行（納稅方）打贏官司後，不到三個月，國稅局就設立「事前照會窗口」，處理類似案件的專門窗口，可以先溝通了解避免日後稅務爭訟，為民服務。

現場聽眾也反應，以日本興業銀行勝訴案例來看，日本國稅局可以在最高法院判決確定三個月內順應民意，設立「事前照會窗口」，讓人很羨慕日本國稅局為民服務態度，希望台灣人民也可以如此幸福，能享有稅捐機關同樣的服務。另一位聽眾表示她最近碰到一個稅務爭議案件，經過陳情後，稅務機關報財政部處理，財政部回覆給五區的函，稅務機關卻一概拒絕給當事人看，拒絕的理由竟然是「這是保密的」，不能公開給納稅義務人看，可是還沒一個月之後，在上課的場合卻可以清楚看到這個資料，「讓人很遺憾，我們政府執行上竟還有保密問題，不能對納稅義務人正式公開？如果能公開，讓納稅人知道政府的立場，反而是對課稅有利。」

誠品會計事務所黃鴻隆會計師結尾時，語重心長向與會的財政部代表李鳳美科長建議，財政部解釋函令背後都有一則說明，建議以後不是只有公布結論，而是可以公布原卷的人、事、時、地、物，也就是做成背景，讓個案的正義比較能發揮，也不用動用到大法官那邊；而未來財政部解釋函令，要嚴謹的用法學方法論述理由，讓納稅義務人更了解租稅的意義。