為減輕「莫拉克風災」受災戶之稅負並達體恤民情及簡政便民之宗旨，臺南縣稅務局將依各鄉鎮市公所、工業區提供之「莫拉克災害救助金核發清冊」「受災戶清冊」，主動查明辦理減免房屋稅，免由受災戶個別向該局申辦。
台南縣房屋因莫拉克風災減免房屋稅標準，以際淹水日為準，每30日停徵1個月房屋稅，不足30日者以30日計之。該局提醒民眾，因莫拉克颱風受災，淹水未達50公分未列入公所補助清冊之受災戶，請檢具公所、村里辦公處等有關機關或人員之證明文件，於災害發生之日起3個月內，向該局或兩分局填寫申請書辦理減免事宜，已向公所申請救助金之受災戶，免再申請。