如果農業用地被法院拍賣而且符合拍定人為自然人、作農業使用等要件，被拍賣人或拍定人均可在收到地方稅務局通知之次日起30日內檢附農業證明等資料，向稅務局提出申請不課徵土地增值稅。
地方稅務局進一步說明如下：
1、申請人必須是被拍賣人或拍定人其中一人，其他第三人（包括債權人在內）不得代位申請。
2、被拍賣之土地必須是農業用地，即非都市土地或都市土地農業區、保護區範圍內土地。
3、必須作農業使用，包括：農作、森林、畜牧、養殖等。
4、拍定人必須為自然人。
5、必須在收到稅捐稽徵機關通知之次日起30日內提出申請。
6、申請時應檢附土地所在地區公所核發之農業用地作農業使用證明書、市政府所核發之土地使用分區證明等資料。
稅務局提醒被拍賣人注意，被拍賣農地核准為不課徵土地增值稅後，應退之土地增值稅會交付法院重新依債權分配，不會逕行退稅；另外拍定人於再次移轉時仍以原所有權人取得時之移轉現值為原地價，將會增加土地增值稅稅負，當你選擇不課徵土地增值稅時應謹慎。