為維護租稅公平，該局表示「99年度印花稅應稅憑證檢查作業」，將自99年3月1日起開始輔導至5月31日止，99年6月1日起進行查核，此次查核期間朔自95年度至99年度五年內書立之各項應稅憑證是否已依規定貼足印花稅票，以遏止逃漏。
該局表示：99年度印花稅應稅憑證檢查對象鎖定土木工程業、建築工程業、建築服務業等相關行業展開查核，為落實愛心辦稅，將於5月前就選查對象寄出輔導函，該局籲請相關業者於近日內先自行檢視各項應稅憑證及合約，如發現有短貼漏貼（繳）印花稅之情事，請儘速依法補繳或貼足，6月1日起即將分組派員展開查核。請相關業者勿心存僥倖，以免被查獲時遭處高達15倍之罰鍰。
稅務局特別提醒，納稅人平時開立之應稅憑證數量較多,逐筆貼印花感覺不便者，建議向該局辦理印花稅彙總繳納，以簡化稽徵手續。又應稅憑證金額巨大不便實貼印花稅票者，可直接持憑證至該局申請開立印花稅大額繳款書繳納，民眾倘若有任何繳稅之疑義，歡迎直撥免費服務電話0800536969洽詢。